Es muy poco lo que se sabe de su vida. Antes de su maestría en Daroca, parece que en 1622 era infante del coro en La Seo de Zaragoza. En Daroca sucedió en el cargo de maestro de capilla a Íñigo F. Camargo, ocupando la maestría desde junio de 1635. En ese momento ya se le menciona como ‘licenciado’. Durante su estancia en la Colegial de los Sagrados Corporales coincidió con Pablo Bruna, ‘el Ciego de Daroca’, sin duda una de los grandes organistas y compositores de la música española del siglo XVII, maestro de maestros. ​

El 1 de julio de 1635 recibió el inventario de los libros de canto de órgano de la colegiata de Daroca, “Inventario de los libros de canto de órgano”, inserto en un apartado del “Inventario de las cosas de la fábrica de la Iglesia mayor de Nuestra Señora de los Corporales de la Ciudad de Daroca” de 1603. El hecho muestra que Aguilar llegó a conocer las obras de autores incluidos en el inventario, entre los que se mencionan compositores españoles, portugueses, italianos y franco-flamencos, como Pedro de Escobar, Jean Richafort, Jacquet de Mantua, Cristóbal de Morales, Vicente Lusitano, Melchor Robledo, Giovanni Pierluigi da Palestrina, Francisco Guerrero, Tomás Luis de Victoria, Sebastián López de Velasco y Bartolomé Méndez, además de diversos otros anónimos y de autores que no se han podido identificar como Jerónimo Abadía, Castrillo, Gil, Pedro de Ponce, Sebastián Ponce o Zorrilla.

En septiembre de 1636, tras la tercera desaparición del maestro Mateo Calvete, el deán de la Catedral de Huesca encargó al organista primero Bartolomé Ximénez que escribiera a Miguel de Aguilar, maestro de Daroca y al corneta de la Colegiata de Calatayud para ofrecerles un lugar en la metropolitana. Aguilar aceptó y fue nombrado maestro de capilla el 17 de octubre de ese mismo año. El 4 de noviembre las actas capitulares mencionan que Aguilar tenía permiso ‘para ir a su tierra a traer su casa y sus trastes por espacio de veinte días’. ​En noviembre de 1636, tan solo un mes después de su llegada a Huesca, se presentó a las oposiciones para la maestría de La Seo de Zaragoza, que había quedado vacante por el fallecimiento de Gaspar Cueto. ​ El cabildo de Zaragoza había tardado un año en buscar ocupar el cargo de maestro de capilla por razones desconocidas. Las oposiciones duraron siete días, hasta el 26 de noviembre de 1636, cuando se anunció el resultado, que fue en favor de Sebastián Romeo, maestro de Tarazona.

Desde 1635 la catedral de Huesca afrontaba una fuerte crisis, lo que llevó a que plazas de ministriles despedidos quedaran vacantes y se ocupasen ocasionalmente con músicos de paso por la ciudad. Poco a poco la situación fue mejorando y hacia 1640 se habían duplicado los cargos de la capilla. El maestro Aguilar consta como maestro de capilla del Pilar de Zaragoza por varios villancicos consultados y una carta desde 1641 hasta 1644, pero no existe seguridad en las fechas, ya que el volumen de las actas capitulares correspondientes no se ha conservado. Pedro Ximénez de Luna dedicó el villancico “Zagalejos del valle” “A Miguel de Aguilar maestro de Capilla de nuestra Señora del Pilar …”. Debió ocupar el cargo hasta 1644 o 1645; en 1645 ya se encuentra a Urbán de Vargas en la maestría.

En 1642 la corte de Felipe IV se encontraba en la ciudad y el maestro Aguilar escribe ‘la Corte se encuentra en Zaragoza, por lo que se han de cuidar al máximo los villancicos’. Por lo que debió coincidir con el maestro de la Real Capilla, Carlos Patiño, y acaso también con su predecesor, Mateo Romero, el ‘maestro Capitán’. Se desconoce la trayectoria posterior del maestro y no se sabe ni la fecha ni el lugar de su muerte. En el archivo de la Colegiata de Alquézar se conservan dos obras de Aguilar: “¡Oh qué bien rige, válgame Dios!”, un responsión a cinco voces, y “Viendo en brazos del aurora”, un romance a ocho voces. ​ En la Catedral de Zaragoza se conserva “Laudate Dominum”, un salmo a nueve voces; en el archivo de las catedrales de Zaragoza se conserva la mayor parte de su obra. En la de Albarracín se conserva “Dixit Dominus”, un salmo a ocho voces, y en El Escorial se conserva “Dispersit dedit pauperibus”, una obra a cinco voces. En el Real Colegio Seminario del Corpus Christi de Valencia se conservan dos motetes a 4 voces, “O vos omnes” e “Inter vestibulum et altare”, y un salmo a 12 voces, “Qui habitat”. ​